膜的使用壽命取決于膜的化學穩定性，但在實際操作時，總會有一定頻度的開機和停機。當膜系統停機時，用其產水或通過預處理合格的水進行低壓沖洗，從膜元件中置換掉高濃度但含有阻垢劑的濃水，還應采取措施預防系統內水漏掉而引入空氣，因為元件失水干掉的話，可能會產生不可逆的產水通量損失，如果停機小于24小時，則無需采取預防微生物滋生的措施。但停機時間超過上述規定，應采用保護液作為系統保存或定時沖洗膜系統。